Arrêt maladie en intérim : indemnités, justificatifs et reprise

En cas d’arrêt maladie pendant une mission d’intérim, prévenez immédiatement l’entreprise utilisatrice et votre agence, puis transmettez l’avis d’arrêt dans les 48 heures. L’agence reste votre employeur : elle fournit à la CPAM les éléments nécessaires au calcul des indemnités. Selon votre activité passée, un complément de prévoyance peut s’ajouter. L’arrêt suspend la mission, mais ne repousse pas automatiquement sa date de fin.

Le point délicat tient à la relation à trois. Vous travaillez dans l’entreprise utilisatrice, votre contrat est signé avec l’agence d’intérim et l’Assurance Maladie traite l’indemnisation de base. Un dossier bien suivi consiste donc à informer les bons interlocuteurs, garder les preuves d’envoi et vérifier séparément le contrat, les indemnités et la reprise.

Arrêt maladie en intérim : les démarches à faire sans attendre

Si votre état de santé ne vous permet pas de travailler, seul un professionnel de santé habilité peut prescrire l’arrêt. Dès que vous connaissez ses dates, suivez un ordre simple :

1. prévenez le responsable de l’entreprise utilisatrice afin de justifier votre absence et de permettre l’organisation du poste ;
2. informez votre agence d’intérim, qui est votre employeur légal ;
3. transmettez les documents destinés à la CPAM lorsque le médecin ne l’a pas fait en ligne ;
4. envoyez le volet employeur à l’agence dans le délai demandé ;
5. conservez l’arrêt, les messages, les accusés de réception et les documents de paie.

Un appel est utile pour prévenir vite, mais une trace écrite protège mieux votre dossier. Un courriel ou un message envoyé depuis votre espace intérimaire permet de dater l’information. Indiquez simplement votre identité, la mission concernée et les dates de l’arrêt. Le motif médical n’a pas à être communiqué à l’entreprise utilisatrice ni à l’agence.

Cette répartition des rôles découle du statut même du travail temporaire. Pour la replacer dans son cadre général, consultez notre point sur les droits et obligations d’un intérimaire.

Le délai de 48 heures reste le repère central

Lorsque l’arrêt est télétransmis par le médecin, les volets destinés à l’Assurance Maladie partent directement. Vous devez néanmoins adresser l’exemplaire employeur à votre agence sous 48 heures. Avec un arrêt papier, les volets 1 et 2 doivent être envoyés à la CPAM et le volet 3 à l’agence dans ce même délai. L’Assurance Maladie précise que les arrêts papier doivent utiliser le formulaire sécurisé obligatoire depuis juillet 2025.

En cas de prolongation, recommencez la démarche : prévenir les interlocuteurs et transmettre le nouvel avis sous 48 heures. N’attendez pas le dernier jour de l’arrêt initial pour contacter le professionnel de santé chargé du suivi. Le délai administratif ne décide pas de la durée médicale, mais un document reçu tardivement peut retarder l’étude et le paiement du dossier.

Les justificatifs à rassembler

Le volet d’arrêt ne suffit pas toujours à traiter rapidement une activité discontinue. Gardez à portée de main :

• le contrat de mission et ses avenants ;
• les bulletins de salaire récents, idéalement ceux des douze derniers mois si la CPAM les demande ;
• les relevés d’heures et les attestations de salaire disponibles ;
• les coordonnées de l’agence et le numéro de la mission ;
• les décomptes d’indemnités journalières visibles dans votre compte ameli ;
• les preuves de transmission à l’agence, à la CPAM et, le cas échéant, à France Travail.

L’agence doit établir une attestation de salaire pour permettre à la caisse d’étudier vos droits. Si le paiement semble bloqué, vérifiez d’abord que cette attestation a été transmise avant de conclure à un refus d’indemnisation.

Qui paie un intérimaire pendant un arrêt maladie ?

Pendant un arrêt pour maladie non professionnelle, l’agence ne paie pas les heures qui n’ont pas été travaillées. La perte de revenu peut être compensée par les indemnités journalières de l’Assurance Maladie, puis par un complément du régime de prévoyance des intérimaires lorsque ses conditions sont remplies. Il ne faut donc pas comparer directement le virement reçu à un salaire mensuel habituel sans identifier l’origine de chaque somme.

Les indemnités journalières de la CPAM

Pour un arrêt de six mois au maximum, l’ouverture des droits dépend notamment de l’activité ou des cotisations antérieures. Le cas général prévoit au moins 150 heures travaillées pendant les trois mois ou les 90 jours précédant l’arrêt, ou un niveau minimal de cotisations sur les six mois précédents. Les personnes qui enchaînent des missions doivent laisser la CPAM reconstituer la période avec les attestations et bulletins utiles plutôt que calculer seules leurs droits à partir d’une mission isolée.

Les indemnités journalières correspondent en principe à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite du plafond applicable. Pour une activité discontinue ou saisonnière, la période de référence peut couvrir douze mois. Un délai de carence de trois jours s’applique généralement à la maladie ordinaire : les indemnités sont dues à compter du quatrième jour, sauf exception prévue par les règles de l’Assurance Maladie.

Les conditions, plafonds et exceptions pouvant évoluer, utilisez le simulateur et les explications de l’Assurance Maladie pour vérifier le cadre en vigueur, sans en déduire automatiquement le montant net qui sera versé dans votre cas.

Le complément de prévoyance des intérimaires

Le régime de branche peut compléter les indemnités de la Sécurité sociale. Pour un arrêt lié à une maladie ou à un accident de la vie privée, la couverture repose notamment sur un seuil de 414 heures de travail en intérim au cours des douze derniers mois. L’ouverture du droit ne signifie pas que la somme sera immédiate : le dossier doit être reconnu et indemnisé par la CPAM, puis traité selon les règles de la prévoyance.

Depuis janvier 2026, pour les arrêts prescrits à partir de cette date, les indemnités complémentaires sont versées directement par Intérimaires Prévoyance selon les informations publiées par le FASTT. Le versement total ne peut pas conduire à dépasser le salaire net de référence prévu par le régime. Pour comprendre ce second niveau de protection, notre dossier sur la prévoyance intérimaire détaille les seuils, la portabilité et les contrôles utiles.

Ne confondez pas maladie ordinaire et accident survenu par le fait ou à l’occasion du travail. Le calendrier, la déclaration et la carence diffèrent. Si l’événement s’est produit pendant la mission, reportez-vous aux démarches après un accident du travail en intérim.

Que devient le contrat si la mission se termine pendant l’arrêt ?

L’arrêt maladie suspend l’exécution du contrat : vous ne travaillez pas et l’agence ne verse pas le salaire correspondant aux heures d’absence. Il ne rompt pas, à lui seul, la mission avant son terme. En revanche, il ne prolonge pas automatiquement la date prévue au contrat. Si votre mission devait finir un vendredi et que l’arrêt court jusqu’au lundi suivant, le contrat peut se terminer le vendredi comme prévu.

À la fin de la mission, contrôlez le solde établi par l’agence : dates, heures déjà effectuées, indemnité compensatrice de congés payés et éventuelle indemnité de fin de mission. La maladie ne doit pas être traitée comme une rupture volontaire de votre part. Le calcul reste toutefois lié aux rémunérations réellement dues. Notre guide sur l’indemnité de fin de mission permet de vérifier ce point séparément.

Si vous êtes inscrit à France Travail, déclarez l’arrêt et transmettez le justificatif demandé. Les allocations chômage sont interrompues pendant la période indemnisée au titre de la maladie. Après un arrêt d’au moins 15 jours, France Travail indique qu’une réinscription doit être effectuée dans les cinq jours suivant la fin de l’arrêt lorsque vous restez en recherche d’emploi. Cette démarche devient particulièrement importante si la mission s’est achevée entre-temps.

Préparer la reprise sans créer un nouveau problème administratif

À la date de fin de l’arrêt, contactez l’agence avant de vous présenter dans l’entreprise utilisatrice. Demandez si la mission existe toujours, si le planning a changé et à quel interlocuteur signaler votre retour. Si le contrat est arrivé à son terme, il n’y a pas de poste à reprendre automatiquement : l’agence peut éventuellement proposer une nouvelle mission, avec un nouveau cadre contractuel.

Reprendre avant la date prévue

Une reprise anticipée ne se décide pas seul. Elle suppose une autorisation médicale, l’information et l’accord de l’employeur, puis le signalement rapide à la CPAM afin d’arrêter le versement des indemnités. L’Assurance Maladie demande d’être informée dans les 24 heures. Revenir directement sur le poste sans coordination peut créer un trop-perçu et une difficulté de couverture.

Visite de pré-reprise ou visite de reprise

Après une maladie non professionnelle, la visite de reprise n’est pas systématique. Elle est obligatoire à partir de 60 jours d’arrêt, sous réserve des règles de dispense applicables depuis juin 2026 lorsqu’une visite de pré-reprise récente a conclu qu’aucun aménagement n’était nécessaire. L’employeur organise la visite dans les huit jours suivant la reprise.

Une visite de pré-reprise peut être demandée après plus de 30 jours d’arrêt pour anticiper un aménagement, un changement de poste ou une difficulté à tenir certaines tâches. Pour un intérimaire, prévenez l’agence assez tôt : elle est l’employeur et doit coordonner le suivi avec le service de prévention et de santé au travail, même si le poste quotidien se trouve dans l’entreprise utilisatrice.

Les erreurs qui retardent le plus souvent le dossier

• prévenir uniquement le chef d’équipe sans avertir l’agence ;
• penser que la télétransmission médicale informe automatiquement l’employeur ;
• jeter les bulletins ou relevés d’heures nécessaires à la reconstitution des salaires ;
• confondre les indemnités de la CPAM avec le complément de prévoyance ;
• supposer que l’arrêt décale la fin du contrat de mission ;
• reprendre plus tôt sans accord ni signalement à la caisse ;
• oublier France Travail lorsque la mission prend fin pendant l’arrêt.

Sur votre prochain bulletin, contrôlez les dates de mission, les heures payées avant l’arrêt et les sommes de fin de contrat. La méthode décrite dans notre article sur le bulletin de paie intérimaire aide à séparer une erreur de paie d’un décalage de versement de la CPAM.

Questions fréquentes sur l’arrêt maladie en intérim

Faut-il envoyer l’arrêt à l’entreprise où la mission est réalisée ?

Prévenez l’entreprise utilisatrice pour justifier l’absence, mais votre employeur est l’agence d’intérim. Le volet employeur doit donc être transmis à l’agence. Suivez aussi les consignes internes communiquées pour signaler une absence sur le site de travail.

La mission est-elle prolongée du nombre de jours d’arrêt ?

Non, pas automatiquement. L’arrêt suspend la mission sans déplacer son terme prévu. Une poursuite du travail après cette date nécessite un cadre contractuel valable, par exemple un renouvellement régulier ou une nouvelle mission.

Peut-on toucher des indemnités si la mission se termine pendant l’arrêt ?

La fin du contrat n’interrompt pas nécessairement les indemnités journalières déjà ouvertes. Le complément de prévoyance peut aussi continuer sous conditions. Vérifiez la continuité des paiements auprès de la CPAM et d’Intérimaires Prévoyance, puis actualisez votre situation auprès de France Travail.

Le meilleur réflexe reste très concret : gardez une copie de chaque pièce, vérifiez que l’agence a envoyé l’attestation de salaire et préparez la reprise avant le dernier jour. En cas de litige ou de situation médicale particulière, sollicitez l’organisme concerné ou un professionnel compétent plutôt que d’appliquer une règle générale à votre dossier.

Sources consultées

• ameli.fr
• ameli.fr
• service-public.gouv.fr